Три месяца назад, когда Норман Озборн распустил ЗАЩИТу, около 1200 агентов отказались присоединиться к его новой организации – МОЛОТ. Эти люди не хотели быть марионетками в чужой игре. Теперь Дум Дум Дуган собирает их вновь под предводительством Ника Фьюри – на этот раз под знаменем Воющих Коммандос. Во время операции с участием киборга-агента Джона Гарретта Фьюри выясняет тревожное: высокопоставленный чиновник Сет Уотерс вовсе не тот, за кого себя выдаёт. Он представляет опасность как для МОЛОТа, так и для Воющих Коммандос. У Фьюри остаётся единственный выход – изолировать Уотерса и выяснить, кто за ним стоит. Для этого придётся пойти на невозможное: заключить временный союз с Озборном.
Война требует жертв – не только крови и жизней, но и принципов. Первое – привычное дело, но вот второе... даётся особенно тяжело.