В далёком будущем люди были вынуждены бежать с Земли. Леденящие кровь пришельцы почти истребили человечество, а последние выжившие укрылись на массивных кораблях-городах. Теперь их доля – скитаться по космосу в поисках нового дома.
Нагатэ Таникадзэ вырос в глубинах "Сидонии", одного из таких кораблей. Он регулярно тренировался на старых тренажёрах, надеясь однажды стать пилотом "Стража" – специального боевого робота, предназначенного для защиты "Сидонии" от нападений пришельцев. Однажды Нагатэ предоставляется такая возможность – но вскоре оказывается, что на долю молодого пилота выпало гораздо больше, чем он мог представить. Когда завеса тайны приподнимется, он узнает много пугающих истин – о "Сидонии", жестоких пришельцах и даже о самом себе...
